Integrar Github Pages
Lo primero que debemos hacer es posicionarnos en el root de nuestro proyecto (en este ejemplo la carpeta pelican-blog) y agregar un link de nuestro primer repositorio remoto:
git remote add origin https://github.com/username/username.github.io-src.git
# verificamos con:
git remote -v
Dentro de nuestro repositorio, agregamos el segundo repositorio como un submódulo, para poder relacionarlos y trabajar con ambos en conjunto:
git submodule add https://github.com/username/username.github.io.git output
A veces es necesario borrar la carpeta output antes.

Actualizar publishconf

Abrí el archivo publishconf.py y vamos a cambiar los siguientes valores: DELETE_OUTPUT_DIRECTORY=False Si la dejamos en True, Pelican elimina todo lo que se encuentre dentro de output, cosa que no queremos para nuestro submódulo.

Actualizar pelicanconf

pelicanconf.py
# -*- coding: utf-8 -*- #
from __future__ import unicode_literals
AUTHOR = u'enriquetaso'
SITENAME = u'enriquetaso'
SITEURL = 'https://enriquetaso.github.io'
PATH = 'content'
TIMEZONE = 'America/Argentina/Buenos_Aires'
DEFAULT_LANG = u'en'
# Feed generation is usually not desired when developing
FEED_ALL_ATOM = None
CATEGORY_FEED_ATOM = None
TRANSLATION_FEED_ATOM = None
AUTHOR_FEED_ATOM = None
AUTHOR_FEED_RSS = None
# Blogroll
# LINKS = (('Twitter', 'https://twitter.com/enriquetaso'),
# ('LinuxChix Ar', 'https://twitter.com/linuxchixar'),)
# Social widget
SOCIAL = (('twitter', 'https://twitter.com/enriquetaso'),
('github', 'https://github.com/enriquetaso'))
DEFAULT_PAGINATION = 10

Generar output nuevamente

Nuevamente, ejecutamos:
pelican content